Grundsätzlich gilt, dass der Rohgenuss von Pilzen, mit Ausnahme des Kaiserlings (Amanita caesarea), des Steinpilzes (Boletus edulis) und des Zuchtchampignons (Agaricus bisporus) in geringen Maßen, nicht zu empfehlen ist. Schadstoffe und hitzeinstabile Toxine werden durch das Garen zumindest reduziert oder ganz abgebaut. In Perlpilzen (Amanita rubescens), Violetten Rötelritterlingen (Lepista nuda) und vielen weiteren Arten enthaltene Hämolysine werden durch vollständiges Garen vollständig abgebaut. Durch das Abkochen und Wegschütten des Brühwassers werden bei Hallimaschen (Armillaria sp.) Schadstoffe unter die kritische Schwelle abgesenkt.
So wie Nüsse, Südfrüchte oder andere Lebensmittel allergische Reaktionen auslösen können, kann auch jeder Pilz eine individuelle allergische Reaktion verursachen.
Nicht selten sind Handelspilze mit Bakterien oder Schimmelpilzen kontaminiert. Dies kommt auch bei einer Unterbrechung der Kühlkette bei tiefgefrorenen Pilzen vor.