Häufig kommt es zu Überlappungen des Indigestions– und des Morchella-Syndroms, so dass die ersten Symptome des Indigestions-Syndroms bereits nach einer Latenzzeit von 15 Minuten einsetzen können.
Das eigentliche Morchella-Syndrom manfestiert sich in der Regel erst nach 12 bis 24 Stunden. Beeinträchtigt werden dann durch die unbekannten Giftstoffe vor allem Regionen des Kleinhirns und des Hirnstamms. Es treten die folgenden Symptome auf:
Zittern, Schwindel, Gleichgewichts- und Koordinationsstörungen, Muskelschwäche, Sehstörungen, Verwirrung, Erregung und Krampfanfälle.