Wie bei anderen Lebensmitteln (z.B. Nüsse oder Südfrüchte) können auch nach dem Verzehr von Pilzen Allergien und Intoleranzen auftreten. Symptome einer solchen Körperreaktion können Durchfall, Erbrechen, Asthma, Hautauschläge, Schleimhautschwellungen, Schwindel und Kollaps sein.
Als besondere Formen der durch Pilze verursachten allergischen Reaktionen sind die „Pilzzüchterlunge“ und die „Shiitake-Dermatitis“ zu nennen.